一边从江阴城下放箭掩护，从城垛站起来刺杀清军的义兵也不断中箭伤亡，每垛十人，一个倒下，另一个换上，血染红了他们的长袍汉服，可他们的目光依然坚定。
“大家不要慌！不要慌！那是鞑子的诡诈伎俩！东门、南门安然无恙！大家打起精神来！给我狠狠地砸！狠狠地刺！”阎应元一边喊着，一边指挥城上用砖石掷下，以长枪刺杀清军。一时间江阴城楼上乱石纷飞，炮火连绵，清军死亡不计其数，护城河里浮满尸体，河水早已染成一片红色，如夕阳一般。
“给我开炮！”多铎将军一声令下，两百门红衣大炮一齐对准北门，城楼上的义兵被炸的血肉模糊，仍然一批批上来坚守。
清军大将阿济格自恃勇猛，穿着三层铠甲，腰间悬挂两把刀，背上背着两把刀，手执双把刀，在红衣大炮炮火的掩护下亲自登上云梯，阿济格跨上城垛，举起大刀直接就是一顿乱砍。城上守城义兵用棺木抵挡，十几个人纷纷举起长枪刺进阿济格身体，那些长枪竟然不能刺入，阿济格拔掉身上的长枪，抡起手臂向阎应元飞掷过去，说时迟那时快，一个义兵立马扑在阎应元面前挡住那把长枪，他一边口吐鲜血，一边扭头望着阎应元笑道：“将军，你没事吧？！”看着这位为阎应元挡枪死去的义兵兄弟，城楼上义兵们群情激愤，有的拿着长枪直接扑向登上城楼的清军一起跳下去，有的把自己淋上油、点燃自己顺着云梯滑下去烧断云梯……看的阿济格也有点胆寒，突然有义兵大喊道：“我们刺他的脸！”于是无数义兵纷纷举起长枪朝阿济格的脸刺去刺去，阿济格猝不及防，脸上一连被扎了好几枪，顿时血流满面，右眼受伤加上额头上流下来的血液，阿济格也看的不是很清楚，踉踉跄跄撞到义兵中一个叫汤中可的大孩子，看着满脸鲜血的阿济格，汤中可手里拿着一把铁钩镰颤颤发抖，他牟足力气、用力钩断阿济格的喉管，他看阿济格血如泉涌，吓得瘫坐在地上。竹匠姚迩立马从汤中可身后赶上来割下阿济格的头颅，一脚将阿济格身子踹落城下。
“大哥！大哥……”多铎声嘶力竭地大喊着；攻城的清兵纷纷上来抢尸，城上梆鼓齐鸣，砖石、箭矢如雨点般纷纷落下，清兵又伤亡千余人。阿济格的尸体被清军抢回来后浑身上下已是无数箭孔，多铎眼里噙满泪水。
“给我开炮！狠狠的开炮！”多铎恼羞成怒，气急败坏地在江阴城下挥舞着长刀。二百门红衣大炮连续开了几十次，终于终于轰开了一个裂口，几千清军蜂涌而入，可是江阴城中男人不怂、女人不惧、老人不恐，就连几岁的娃娃也表现得异常的英勇。清军攻入城中后，男人们与清军展开了最后绝杀的巷战，近距离冷兵器的肉搏巷战，刀刀致命，残酷无比，几千攻入城的清军成为瓮中之鳖很快被全部扑灭。而城墙上不断射击的箭矢阻断了清军的第二次渡河。江阴义兵们在城楼弓箭手掩护下，杀退冲向城墙裂口的清军，举着盾牌、铁锅防着炮火、箭矢缓缓推进，后面的人用巨石、填满土的棺材和裹有铁皮的门板堵住城墙裂口，工匠很快把轰破的城墙给修补好了，并将几前攻进城的清军尸体从城楼上用绳子慢慢放下去，堆成一座尸墙，看的清军心惊胆寒，攻城的也面面相觑。双方再次陷入僵局。江阴义兵如此修补城墙之法在后面重复了几次，让多铎很是头疼，却也无可奈何。
多尔衮看完书信，仿佛看见了这次镇压反贼的悲壮之战，他的眼睛湿润了，眼睛渐渐红起来，仿佛有一团烈火喷薄而出，多尔衮把那份书信紧紧握在手里，把它揉成一团，他用力捶打着柱子，低头咆哮了两下，心想“我的大哥都被你们这些叛民给杀了，此仇必报！眼下战事如此惨烈，他们汉人竟然只是为了一簇头发，或许我真该听听索尼、鳌拜的话，不能再强行推行剃发令了！”多尔衮陷入沉思。
“摄政王，多铎将军希望您能再次出马、过去江阴解决了阎应元！”那个将军跪拜道，多尔衮晃过神来一手按着赤霄剑，一手拍着门柱道：“去！当然要去！传令下去！准备快马二十匹！与我星夜奔赴江阴！”话音刚落，多尔衮提剑出马，骑马直奔江阴城北门，那个送信的将军和其余二十骑紧跟其后。
多尔衮来到江阴城北城楼下，骑着马来到护城河前喊话阎应元道：“阎典吏，你是大明的一个九品芝麻官；阎将军，你是大清的一个封疆大吏！大明皇帝骄奢淫逸、昏聩无能，将军大能，当为社会发光，为人民谋福祉！我见你带兵有方，智勇双全，不如归到我麾下如何？我大清唯才是举，一定重用你！”
阎应元拔刀大笑道：“覆巢之下，安有完卵？你也不必自欺欺人了！有种就放马过来吧！头可断，血可流，人不可辱！”
“嘿嘿……我就知道你会这样说。真是不识抬举！”多尔衮冷冷地笑道。
“放箭！”阎应元一声令下，江阴城上万箭齐发，万千箭矢飞向多尔衮。
多尔衮拉紧缰绳，纵马一跃，飞上半空。阎应元大吃一惊，多尔衮立即拔出赤霄剑，瞬间江阴城北城楼上空乌云密布，电闪雷鸣，一条红龙从赤霄剑中疾速飞出，那条赤龙飞到闪电中咆哮了一下，便如一道红光从多尔衮的天灵盖直飞进他体内，多尔衮身子晃了一下，晃过神来全身开始燃烧起来，却毫无痛感，他感觉体内流动着无限热量，百穴贯通，整个人仿佛喷发的火山一样能量无限。多尔衮飞上江阴城北城，举起赤霄剑向阎应元劈去，随着一阵阵“轰隆”声，一道道火光从赤霄剑中爆出，“将军小心！”话音刚落，两个义兵一把推开阎应元，被劈成两半，阎应元应声倒地，被砍去了一条胳膊。
多尔衮飞回三军前，下令“开炮！”二百门红衣大炮一起轰城，炮火集中轰塌了江阴城中东北角大段城墙，清兵在风雨中蜂拥而入。这时，失去一条胳膊的阎应元刚被包扎好伤口，闻知这一消息，知城已难保，取笔墨在城楼上写下这样的联语：
八十日带发效忠，表太祖十七朝人物；
十万人同心就义，留大明三百里江山。
写罢阎应元掷笔上马，带领两千名敢死队员扑向缺口，与清兵展开巷战。义兵们群情激愤，勇敢杀敌。阎应元的背部连中三箭，仍英勇杀敌。后来，阎应元身边敢死队员只剩下40余人，他不愿身陷敌手，以短刀刺入胸部，再投入插满箭矢的湖水中。因为湖水太浅，阎应元只能伏身湖底。终于被一个清兵发现“他在湖里！”清军蜂涌而上，将阎应元抓住，被押送至刘良佐驻扎的乾明寺佛殿。刘良佐又一次劝他降清，他说：“大丈夫立于天地，唯有一死以谢忠义，尔等鼠辈休再啰嗦！速速杀我！”多铎闻知阎应元被俘，急派人将阎押至他所在的县衙，阎应元至堂上背对着多铎，挺身不屈，骂不绝口“你个乌龟鞑子，要杀要剐，痛快点！不要像个娘们！”多铎拿着手下的长枪刺向他的脚胫，阎应元血流如注。他再也站立不住，挺身前扑，不肯跪向清军。多铎冷笑道：“这样杀你，便宜你了！你杀我兄长，我要将你的肉一片一片割下来。”遂下令命人将他押至栖霞庵，等待押回北京凌迟处死。栖霞庵的和尚夜里听见阎应元不绝口的呼喊“满清鞑子，速速杀我！”这天夜里，多铎听的心里发毛，下令杀他，当晚阎应元被清军杀害。
清军攻下江阴后，34个妇孺老幼在县衙举火*，誓死不屈；典史陈明遇带领义兵们殊死搏杀，他身上重创数十刀，断气之时背倚城墙屹立不倒，大声高呼：“将军百战死，壮士十年归！”中书戚勋、书生许用举家点火*而死；书生许王家被清军抓捕后，清军问他：“你一个小小的书生，没有吃过一粒官粮，为什么要以身殉国？”许王家怒目圆睁！怼道：“自古君臣之义，岂论当官与不当官？尔等休再啰嗦！”这时又有一个姓笪的书生临行前喊道：“我本来就是一个普普通通的百姓，今天能和阎应元、陈明遇这些士大夫一起壮烈牺牲，为民族忠义而死，虽死犹荣，何其壮哉！哈哈哈……何其壮哉！”
多尔衮抚摸阿济格的尸体悲痛不已，“启禀摄政王，据统计，七王、薛王、十王都死于江阴城下，此战我军折损大将十八名。清兵二十四万大军携二百多门大炮围城，死者六万七千余人，巷战死者又七千，一共损失的士兵有七万五千余人。”，多尔衮听完奏报大吃一惊，多铎红着眼睛下令道：“屠城十日，然后封刀！”清军在江阴整整屠杀十日，17万余人死于刽子手屠刀之下，仅有53名老小幸免于难。
有江阴无名氏女子咬破手指，以鲜血题写了一首《无题》诗：
腐肉白骨满疆场，万死孤城未肯降。
寄语行人休掩鼻，活人不及死人香。
多尔衮平定江阴叛乱后，坚持原来颁布的“剃发令”和“易服令”。那些不愿意剃发的人，要不被杀，要不移居海外，要不就出家带发修行。清政府的这种暴力行为，巩固了一时的统治，但为以后清朝的衰败埋下了祸根。天地会起义此起彼伏，大西军更是响应南明西狩。