倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没有被溅到，而且那些忍者都没有给予致命一击。大蛇丸说即使是被称为天才的他在当年也没有如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在chuang上养病的时候突然对他发起攻击，用千鸟锐枪攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。在大蛇丸的真身被佐助斩杀后，大蛇丸将佐助吞至自己转生所在的异空间，准备夺取佐助的身体。但在佐助的写轮眼的强大瞳力下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬时相同的惨败。他的异空间完全被佐助吞噬了。[38]在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到南秘所，说服了有特殊能力的管理员香磷入伙，然后释放了所有的囚徒。接着佐助一行人来到北秘所，准备释放重吾。此人是咒印的源头，拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助、水月和香磷来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人冲动中的重吾与水月打了起来，但很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的杀气下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又说君麻吕已为他而死，此刻重吾终于知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有什么能耐可以让君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而发生变化。[39-40]
兄弟决战篇
鼬佐大战
鼬佐大战
在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。“蛇”赶到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地，来个了断。两兄弟决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀，但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟锐枪进行攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。佐助从鼬口中得知宇智波一族创始人——宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起消灭了宇智波全族，同时亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，而且是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬继续向佐助诉说万花筒写轮眼的另一个秘密，佐助之前已阅读过关于宇智波一族的秘密，了解到了万花筒写轮眼终有一天会失明的事实。鼬告诉佐助，本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从自己兄弟那儿取来同样的眼后而创造出带有独特力量的新眼睛——“永恒万花筒写轮眼”，两兄弟不断使出绝招攻击对手，基本上是佐助进攻，鼬防御的状态，佐助的实力比起两年多早已今非昔比，在交战过程中，破解鼬的最强的精神攻击——“月读’与最强的物理攻击——“天照”，最后佐助查克拉耗尽之时，决心用自己一手准备的终极绝招来决胜负……原来佐助先前的火遁术射向天空目的并不是攻击鼬，而是用来制造出积雨云，进而产生雷电，并将自然界巨大的雷电之力通过手中雷电引导向鼬。这个术被佐助命名为“麒麟”。“麒麟”一击将整个据点都击得粉碎，佐助亦以为鼬已被杀…但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬间开启了须佐能乎防御了佐助的攻击，鼬只是受了重伤。就在此际，本来被佐助夺去力量、压制在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际企图侵占其身体，他使出自己最大最强的术——“八歧之术”变化出八歧大蛇。但一如日本神话须佐之男斩杀八歧大蛇的具体情景，八歧大蛇八个头颅先后被‘须佐之男’斩下，而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，也被须佐能乎的“十拳剑”刺中，被封禁在葫芦了。佐助的咒印在鼬封禁了大蛇丸之后亦从此消失，但佐助此时已用尽所有力量，连写轮眼都使不出来了。面对鼬强大的“须佐能乎”，佐助无法开启写轮眼的力量，唯有不断以草薙剑引爆符进行攻击，但这一一被鼬的须佐能乎所持的“八咫镜”弹开，鼬步步迫近，最后微笑着在佐助的额头前轻轻点了一下说：“原谅我，佐助，这是最后一次了。”然后倒下，一时昏天黑地，阵雨迷蒙，天仿佛哭泣一般地，而天照之火仍在不熄灭地燃烧，当佐助看见旁边的鼬再也不动后，他明白了鼬已经死亡，随即满足地笑了一下，也接着倒下在鼬的旁边，兄弟二人仿佛永远隔绝的存在。[41-42]
阿飞在之后找到并救起已经晕倒的佐助，并告诉了他宇智波家族与木叶曾经的恩怨，而鼬则竟然是木叶的双重间谍，他是为了防止战争的爆发才选择亲手灭掉宇智波一族的，并且鼬其实一直都在暗中保护佐助，当年鼬没有杀佐助，并且一直在培植佐助的力量，通过让他憎恨来不断将写轮眼变强，直至后来开启了万花筒写轮眼。因为在鼬认为，佐助比木叶重要。佐助得知真相之后十分震惊与悲愤，他决定刺杀逼死鼬的幕后黑手——团藏等三位木叶高层，以及摧毁对宇智波一族实行灭族政策的木叶忍者村。[5]
捕捉八尾篇
佐助VS八尾
佐助VS八尾
佐助率领的小队鹰将与阿飞所率的晓联手，除目标是针对木叶的上层外，亦协助捕捉另一头尾兽。身处在雷之国，使幻术迫使来自夜月一族的云忍供出八尾人柱力的位置，并前往云雷岟，向八尾直接道出要把他抓走。佐助与八尾人柱力奇拉比交锋，由于咒印力量的消失，又是刚开眼的首次作战，导致前期战斗有些吃力，连续两次被其击倒，后依靠鹰小队团队合作支撑。因而惹恼了人柱力，并现出巨牛真身!!水月为了保护虚耗过度的他们离开，自愿殿后阻挡八尾尾兽炮。佐助眼见身边的队友们不惜生命为了自己，又突然想起了在木叶时跟鸣人、小樱一起，内心再不感到犹豫和孤单，开启了左眼的万花筒写轮眼，倾力使出了万花筒的忍术──天照的写轮眼的触发术，故万花筒为鼬的万花筒形态）来个绝地反击……熊熊的黑色火焰在八尾身上燃烧，将八尾逐步吞噬；而八尾在挣扎间，将带有黑火的一条尾打向香燐，佐助当即使用千鸟锐枪割断该部分，但断尾仍然击中香燐背部，香燐顿时昏倒在水中，身上的黑火也同样燃烧……重吾劝佐助离开，但燃起保护同伴之心的佐助却不愿离去，情急之下竟用右眼将香燐身上的火给熄灭，同时也熄灭八尾以及八尾断尾上的火焰。而鹰小队亦完成捕捉八尾的任务，此举却惊动了八尾的兄长──雷影。[43-44]
五影会谈篇
佐助
佐助
鹰小队在一番修整之后决定向木叶进攻，不过途中被告知木叶已被摧毁，于是转变目标——潜入五影大会，刺杀火影！由绝带领其前往五影大会，但在到达之后却被绝出卖。绝告知五影佐助潜入的消息，愤怒的雷影立马开始寻找佐助。随后雷影发现佐助一行，一番开场的激战之后，雷影与佐助进行一对一单挑。雷影的实力相当强，佐助在战斗中使出千鸟系列忍术以及万花筒系列瞳术，在此战中首次使用须佐能乎，均无法完全压制住雷影。之后佐助操控天照的形态，开发并应用了自己独有的万花筒技能：炎盾·加具土命，用来阻挡雷影的攻击，此时雷影选择玉石俱焚，宁可手脚不要也坚持攻击佐助。眼看两人就要两败俱伤之际我爱罗用砂盾隔绝了二人间的相互攻击，雷影暂时退下治疗断掉的左手。而佐助则对上了我爱罗等四人，战斗中佐助使用须佐能乎，阻挡众人的合力攻击。并随即放弃与风影、雷影继续纠缠，直奔团藏所在的会谈场所准备和团藏决斗，但是却又遇上了对晓有很深仇恨的水影，团藏却在此时趁机逃脱，佐助则不得不与水影交手。水影拥有溶遁、沸遁两种血继限界，而佐助因连续与多名高手交战，且须佐能乎使用过多，导致查克拉不足，同时全身每一个细胞也都疼痛不已，从而无法抵挡水影的忍术。这时白绝赶来帮助佐助，使得佐助足以从水影制造的密室中逃脱，但是刚出来又立马对上了土影，被土影的尘遁之术迎面击中。在所有人都以为佐助已死的时候，带土架着因查克拉消耗过量而暂时昏迷的佐助出现了，并说出了“月之眼计划”……之后佐助被带土用时空忍术转移到了另一个空间，由香磷对其进行治疗。带土在与五影交涉破裂之后也离开了会场，在带土的逼迫下，五影没有改变决心。最后，临走前宣布第四次忍界大战开始了。[45-46]
复仇团藏篇
佐助VS团藏
佐助VS团藏
阿飞出现在逃离会场的火影——团藏面前，在将团藏的两个随从用时空间忍术打败之后，阿飞从异空间放出佐助与团藏对决。佐助战斗中使用了万花筒写轮眼瞳术——须佐能乎抓住了团藏，对其质问关于鼬的真相，在团藏说出真相、称鼬为木叶的叛徒之后佐助的怒火爆发，将团藏捏碎。但此时团藏却又再次出现在佐助身后，两人接着继续对决，佐助使用天照等绝招再次将团藏“杀死”，但是团藏仍然再次出现，就在此时，佐助使出了幻术，变化出了鼬的幻像来对付团藏，但这一切竟然对其无效，而佐助却被团藏用封印束缚住了无法动弹并被团藏嘲笑其幻术弱小，危急之际，佐助爆发须佐能乎完全体，冲破封印扭转了局势，而团藏那种杀不死的能力的真面目也渐渐浮出水面，据阿飞所言，那是连宇智波一族都将其列为禁术的绝招——“伊邪那岐”。但在经过了一番艰苦的高攻ChiJiu战之后，聪明的佐助灵活应用幻术将团藏打倒。而濒死的团藏不甘心失败，竟挟持香磷做人质。佐助用千鸟锐枪将香磷和团藏一起刺穿。苟延残喘的团藏在最后发动里四象封印术，试图将带土和佐助一同封印进体内，结果未能成功而死。[47-48]
第七班再会篇
佐助VS鸣人
佐助VS鸣人
佐助打败团藏后，小樱、卡卡西、鸣人先后赶来，第七班到齐。鸣人的螺旋丸对佐助的千鸟，然后两人一起
被相互的忍术弹开，鸣人接着告诉佐助自己的醒悟，佐助答应鸣人的决战宣言后和阿飞一起离开了现场。佐助因为一天之内用了十多次
万花筒写轮眼，视力严重下降，趋近失明，最后决定听从斑的建议移植鼬的眼睛。[49-50]
兄弟联手篇
我一直深爱着你
我一直深爱着你(2张)
佐助在移植并融合成功鼬的眼睛后，杀死白绝本体，出关上战场，路遇宇智波鼬，随即跟随。佐助为了能和鼬交谈，鼬为了阻止秽土转生，于是兄弟二人需要在抵挡兜的攻击的同时活捉他，二人在战斗中互相配合，鼬以宇智波一族另一禁术——伊邪那美结束战斗。[51][4]佐助也与鼬交流之后重新思考：“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”并通过御手洗红豆复活大蛇丸，带着归队的鬼灯水月、天秤重吾与大蛇丸一起寻找答案。[52]
会谈火影篇
会谈历代火影
会谈历代火影
佐助一行回到木叶忍村，大蛇丸破解尸鬼封尽，并通过寄生在佐助身上的6个白绝秽土转生出了初代到四代火影。经由历代火影之口，佐助了解到了兄长、家族的过去，村子的光明与黑暗。在知晓一切之后，佐助经过思考，得出了要守护木叶的决定，为了不让鼬的意志湮灭，佐助决定守护木叶，重返战场参战。[53-54]
忍界大战篇
三足鼎立
三足鼎立(2张)
四位火影悉数到达战场，历代火影使出“四赤阳阵”困住十尾，紧接着佐助也到达战场，并且对木叶众人说出自己想要守护木叶，更是爆料自己要成为火影以改变村子的现状。第七班复活后，新生代忍者们对十尾发动了猛攻，鸣人佐助小樱同时使用通灵术，佐助的炎遁与鸣人的风遁配合发挥出了前所未有的威力，在战斗中佐助的真正目的也渐渐浮出水面，即消灭尾兽制度，改变原有的忍者系统。最终boss只剩下十尾人柱力带土和秽土转生的宇智波斑，鸣佐二人和二代，四代火影一起对抗十尾人柱力带土，初代对抗宇智波斑。但十尾人柱力带土一人用阴阳遁对抗四个影级别忍者，在二代火影和鸣人都察觉到仙术对带土攻击有效时，鸣人同时开启仙人模式和尾兽模式，开始反攻。[55]
佐助被斑贯穿心脏
佐助被斑贯穿心脏
带土在战场上重新释放出十尾。十尾变成参天巨树，准备发动无限月读。[56]佐助的须佐能乎在吸收适应了重吾的查克拉后所转变的仙术血继限界后和鸣人联手阻止无限月读。[57]鸣人和佐助合力使用野兽之难与众人合力重创带土。众人成功解救出被困在带土体内的尾兽，佐助发现带土还活着并决定拔刀了结带土，卡卡西突然出现，声称由自己来解决带土。佐助用天照攻击了以轮回天生之术复活的宇智波斑，却没有效果。但斑被佐助刺穿右臂，斑感觉到佐助的万花筒写轮眼是直勾玉，打算在自己的轮回眼回复之前先用佐助的写轮眼替代。斑看在他是同族的份上想要让佐助与他联手，但佐助选择了拒绝。[58-59]乘坐通灵鹰的佐助被初代拦截并被传授“与仙术查克拉呼应并能束缚斑的术”去阻止斑，理由是初代火影说佐助很像斑的弟弟宇智波泉奈。佐助从空中偷袭斑，却被斑定在空中、贯穿心脏。被贯穿心脏的佐助，临死时不断挣扎着，回忆起了哥哥的话，濒临死亡。同时，鸣人因被抽取尾兽心跳减弱，即将死亡。
这时，重拾自我的药师兜走出伊邪那美，以仙人模式出现在战场，用医疗忍术和二代提供的禁术为濒死的佐助抢救，并为其输入千手细胞。佐助与六道仙人在精神世界见面，从六道仙人那里知道了一切的起源，得知自己是六道长子因陀罗的转世。鸣人和佐助两人在选择了各自的道路后，接受了六道仙人馈赠的力量，各自苏醒。佐助掌心出现月亮的图案，能触碰斑的黑棒而不受影响，左眼开启了九勾玉轮回眼，现借二代火影的飞雷神之术与鸣人汇合，与斑决战。
性格特点
童年的佐助
童年的佐助
童年的佐助活泼、开朗。在忍者学校成绩优异，颇受许多女生欢迎。[62]他十分勤奋、好学，常常与兄长鼬一同修行。佐助深爱家人。当看到父兄之间冷战，年幼的佐助不知其中原委，但内心渴望父兄之间解除误会，维护家庭和谐。[62]
正是基于对家庭、家族的那份爱，佐助在宇智波一族被灭之后，性格发生转变。面对一夜间逝去的族人，佐助内心无比伤感、愤怒，但“有泪不轻弹”，从此他将内心封闭起来，一心希望获得力量，早日为宇智波一族报仇雪恨。[7]
复仇时期的佐助
复仇时期的佐助
佐助是一个敏感而不愿表达的人，所能感受到的东西很多，可是他很少表达。第一部中岸本对佐助的心理刻画大多集中在“对自己弱小无法报仇而愤恨”，到了疾风传更是几乎没有文字类的心理说明
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