兵的时候，日本内阁就丹东事件召开了两次紧急会议，然而这两次会议的结果都不是很理想。虽然声音各有不同，但大部分仍然是责怨第五师团擅自行动的不对，如今招来恶果那也是咎由自取。
日本军阀政治势力当中并非全部人都支持辽东开战，毕竟对于许多军阀政客而言，他们老早以前就把目光转向世界大战的战场上，而绝非是仅限于远东地区的纷争。因此到最后还是以主和立场为主的声音稍微占据了上风。
十一月十日这天上午，日本内阁正式委任外务省副大臣内藤新平为首相特使，即刻启程赶赴中国与北洋政府发起正式的外交谈判会议，就辽东局部军事冲突一事能够和平解决进行磋商。同时勒令要求日本驻华公使日置义尽快就《二十一条》一事拿出解决方案，如果不能妥善处理此次外交危机，将被“劝退辞职”。
陆军省也在辽东开战第十二天后做出了更详细的申明，和对旅顺司令部下达措辞更为严厉的命令。之前十二天因为内阁与国会就辽东问题争执不休，驻华公使馆也因为遭到游行示威而被切断联系，也不清楚到底该如何节制第五师团。所以都只是下达和发出了一些含糊其辞的官文、命令。
此次陆军大臣冈市之助受大隈重信首相的明确指示，对旅顺司令部做出军法限制令，要求第五师团立刻向中**队停战，各路部队全员返回旅顺要塞待命。同时又朝鲜和本土分别派遣军法调查官和宪兵队，针对此次擅自开战一事进行严厉的彻查。
海军大臣八代六郎也即刻致电第二舰队驻旅顺海军基地，命令第二舰队迅速停战，海军运输船协助营口第五师团撤离，舰队全部返回旅顺海军基地待命。
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