・帕克发现了此亚历克斯其实并不是真正的亚历克斯而是生化病毒武器－原形体（Prototype），克伦・帕克因此背叛了亚历克斯・默瑟。亚历克斯中了陷阱，亚历克斯・默瑟被黑色守望组织的队长罗伯特・荷斯（RobertCross）注入病原体，丧失部分能力，并逃走了。病原体开始寄生并侵蚀亚历克斯。亚历克斯前往圣保罗医院，找上同为前Gentek员工的拉格伦（Ragland）医生，请求他的协助。亚历克斯与拉格伦医生渗透进军事基地，调查PennStation病毒感染者的遗体。利用Hunter（一种变异怪物）作为培养体，拉格伦医生成功制造出对抗病原体的抗体。亚历克斯恢复原先的能力。但达娜却被不明Hunter绑走。曼哈顿感染程度持续上升。亚历克斯为寻找妹妹，制服并吞噬Hunter头目（LeaderHunter），进一步找出绑架达娜的变种hunter，将其吞吃后获知达娜的所在。亚历克斯利用军方的火力，进入核心巢穴并寻找达娜。核心巢穴的中心，是黑光计划病毒（Blacklight）的核心带原者伊丽莎白・格林。亚历克斯将抗体注入伊丽莎白，却被伊丽莎白排出体外，并形成Hunter之王（SupremeHunter），而亚历克斯并不知道。亚历克斯成功救出达娜，但她陷入昏迷。亚历克斯把达娜交给拉格伦医生保护。这时一名身分不明的神秘人向亚历克斯透露黑光计划病毒的起源与释放病毒的人其实是他，并告诉他伊丽莎白未死。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并引入使用病毒技术制作而成的超级士兵。军方进一步在地面部属Blo
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