新的寄主身上，发育而成新的水霉。菌丝顶端还可发育成精囊和卵囊。两者总是很靠近，精囊中的精子核进入卵囊和卵融合而成合子。合子脱离卵囊，发育而成新菌丝。
水霉的细胞壁不含几丁质而是由多糖构成，水霉的孢子有鞭毛，这些都是水霉有别于其他真菌之处。
接合菌纲（Zygomycetes）：陆生，如黑根霉（Rhizopus)
黑根霉的孢子是黑色的，所以菌体成熟时，满布黑色小粒。馒头、面包上的黑色毛样霉即是黑根霉。
黑根霉的菌丝多核，无横隔，只在形成生殖器官时才以隔分开，菌丝壁主要成分是几丁质。黑根霉的有性生殖和水绵的接合很相似。2个不同接合型（以十、一表示）的菌株靠近，菌丝上生出侧枝，侧枝顶端膨大而成配子囊。配子无鞭毛。2个不同接合型的配子囊互相接触，融合为一，其中配子两两融合而成多个合子。合子经过一段休眠后，减数分裂而成多个单倍性核，其中一个发育成新的菌丝。菌丝成长，顶端发育成孢子囊，产生无数黑色孢子。孢子再萌发成新的菌丝（n）。所以黑根霉的生活史中只有合子是二倍性的，其余阶段，包括菌丝，都是单倍性的。
子囊菌纲（Ascomycetes）：这是真菌中最多的一类，约有30000种。我们熟知的酵母菌、青霉、遗传学中使用的研究材料红色面包霉，以及药用的冬虫夏草、为害禾谷类的白粉菌、赤霉菌等都是子囊菌。
子囊菌一生从无游动细胞，它们完全适应了陆生环境，既无游动孢子，也无游动配子。子囊菌的菌丝有横隔，但横隔上有孔，细胞质可过孔流通。各细胞中有一或多个核，核也可过孔流通。细胞壁的主要成分是几丁质，也含葡聚糖。
大多子囊菌是“雌雄”（+、-）异株的。在有性生殖时，+、-株菌丝顶部膨大，很多细胞核集中其中。两菌丝膨大部分靠拢融合为一，但其中细胞核不融合，而是+、-核两两相对，萌发产生新菌丝。这些新菌丝的每一细胞中也各含+、-两核，可称为双核菌丝。双核菌丝分支，末端细胞分化为子囊母细胞，其中+、-两核融合为一。这个合子核减数分裂生成8个单倍性核。各核发育而孢子，即子囊孢子（ascospores），此时的子囊母细胞即是成熟的子囊（ascus)
子囊菌的迅速大量繁殖主要是靠无性生殖，无性生殖产生的孢子称为分生孢子。
青霉（Penicillium）。是分布广、生活能力很强的子囊菌。菌丝淡绿色。菌丝顶端有分叉之支，如埽帚状，各小支末端有一串分生孢子。分生孢子落地萌发而成新菌丝。青霉素是从点青霉（P．notatum）和黄青霉（Chrvsogenum）提取出来的。
曲霉（Aspergillus）。和青霉相似，分生孢子梗不分支，而成圆球形。制造酱油所用曲霉为米曲霉（A.orygae）。
红色面包霉（Neurosporacrassa）寄生在面包、糕点上，分生孢子紫红色，子囊中含8个子囊孢子。是生化遗传学研究的材料。
冬虫夏草（Cordycepssinensis）寄生于鳞翅目幼体内。成熟时昆虫死亡，从昆虫头部伸出一根肉质的“草”，实即菌丝的有性生殖部分，其中充满子囊。
担子菌纲（Basidiomycetes）：这是我
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