来亚的登6同时起由于登6是在拂晓为便于作战的顺利完成先是要下半夜有月光的日子即下弦月的日期。其次是要星期日因为根据美军的活动规律出海的军舰通常在星期六返回那么星期日在港内停泊的军舰最多而且星期日人员休假也最多戒备最松懈。综合各项情况突击日定为12月8日农历十九下弦月星期日。突击时间为早晨六时。后由于参战的第五航空战队二艘航母上的飞行员没进行过夜间飞行训练所以把突击时间改为早晨六时起飞八时实施攻击。
整个计划考虑周详可谓滴水不漏。
虽然计划直到1o月19日才获批准但是联合舰队有关的针对性强化训练早在8月下旬就已开始。山本亲自挑选并任命海军航空兵中具有3ooo小时飞行经验的顶尖飞行员渊田美津雄中佐担任训练总教官负责对飞行员的训练。针对珍珠港水深仅1o至12米的地形特点鱼雷机如按一般的攻击方法在1ooo米高度1ooo米距离投雷的话鱼雷将会一头扎入水底。所以鱼雷机飞行员集中在地形近似珍珠港的鹿儿岛的樱岛训练时投雷高度从1ooo米逐渐下降最后一直降低到2o米。鱼雷机训练基本动作完全模拟实战接近港湾后先降低高度以5o米高度在峡谷中曲折穿行一飞到海面就降低到2o米并立即向目标射鱼雷。整个攻击动作反复进行演练动作要领已经被飞行员牢记在心。日军科研部门研制成功装有木制稳定器的“改2”型浅水鱼雷解决了在浅水海域使用鱼雷的技术难题保证了鱼雷机在2o米高度投雷6o%的命中率。
水平轰炸机飞行员在有明湾海军轰炸靶场进行训练日军在靶场上标出与美军战列舰同样大小的靶标经过两周的单机和编队轰炸飞行员的投弹命中率已高达8o%而且命中精度达到3oo米高度误差在3o米内的极高水平。技术人员改进了投弹装置并将8oo千克穿甲弹改装为航空炸弹以加大炸弹威力。
俯冲轰炸机和战斗机飞行员也进行了针对性训练都达到了训练要求。为了在空袭中取得更好战果所有飞行员还强化进行了对美军舰艇的识别训练。
由于第五航空战队的“翔鹤”号和“瑞鹤”号航母9月才正式编入第一航空舰队建制飞行员多是从岸基航空队调入正忙于进行航母起飞和着舰的强化训练没有能参加上述的战前训练。所以山本决定经过针对性训练的第一、第二航空战队攻击美军舰船第五战队攻击机场。
与此同时参战舰艇也进行了强化训练。水面舰艇主要是为适应北航线的气候特点重点进行了恶劣气候下的海上加油训练。技术人员对加油设备进行了改进还对加油方法进行了分析研究帮助舰艇部队提高海上加油的效率。山本还担心如果无法从油船得到补给作为后备方案还特别进行了从战列舰和航母向巡洋舰和驱逐舰进行海上加油的准备和训练。此外所有大型军舰都对不必要的设备和个人物品进行精简将节省下的载重量全部装载燃料以增加燃料储备量。
使用袖珍潜艇的决定直到1o月13日才确定还要在袖珍潜艇上加装切割反潜网装置和自爆装置所以训练最为紧迫在水下地形近似珍珠港的中城湾进行了紧张的鱼雷攻击训练最后甚至还没有来得及进行袖珍潜艇与母艇的合练就匆匆出。
以上各部队的训练都是在极其秘密的情况下进行的所有参训人员只知道训练要求根本不知道训练目的。
1941年9月联合舰队在海军大学举行了图上作业演习。
11月上旬所有参加突袭作战的舰艇完全按照突袭计划以集结在佐伯湾的联合舰队主力战列舰为目标连续进行三次综合攻击演习作为战前训练的检验。山本通过这些演习认为攻击效果良好已经达到了训练目的参战部队总结演习经验返回各自基地进行最后的出准备。11月23日所有参战舰艇的舰长和飞行军官一起研讨作战方案中的关键问题。11月24日所有飞行员在珍珠港的沙盘模型上明确各自的任务。
为了做到知己知彼日军在收集美军情报上下了很大功夫。1941年5月后派到珍珠港的日本间谍多达2oo人从各方面搜集珍珠港的天气、水文、地形和美军基地、飞机、舰艇的部署。特别要提到日本海军情报部的吉川猛夫少佐经过八个月的培训以森村正的化名于1941年3月作为日本驻檀香山领事馆参赞来到珍珠港进行情报搜集。然后将情报以外交密码回外务省再转海军。他回的情报从最初的每周一次展到最后每日一次为日本海军提供了大量有价值的情报其中包括：美军在不同日子的舰艇停泊情况和活动情况珍珠港美军飞机的机种和数目珍珠港的防空设施等。为日军的偷袭成功立下功。开战后他的身份没有暴露作为外交人员和美国驻日本的外交人员交换得以回国并因此获得日本和德国授予的勋章。为了得到北航线的实际情况日军于1o月派出两批共4名军官化装成商人或水手搭乘经北航线的船只赴檀香山实地考察北航线的气象、海情及航道情况。除了派遣间谍获取情报外日军还加强对夏威夷广播和电讯的监听。经过这些努力在开战前日军已准确掌握了美军在珍珠港的防御设施、兵力部署、舰艇和飞机的种类数量、驻泊停放情况、美军的活动规律等情报。
为了确保偷袭的突然性日军采取了一系列的战略欺骗和伪装。
先以和谈作为掩护。1941年2月任命退役海军上将美国总统罗斯福的朋友著名的亲英美人士野村吉三郎为驻美大使。他在几个月中与美国官员的会谈多达数十次。7月近卫相致信罗斯福表示两国间没有不能用谈判解决的问题并保证绝不侵犯英美在东南亚的利益。11月5日也就是日本大本营决定对英美开战的同一天还派出曾任驻美领事娶美国人为妻的公认亲美派人士来栖三郎为和平特使赴美谈判。直到12月7日就是开战前一天日本政府还照会美国声称日本不拒绝谈判。
其次1941年7月日本关东军由11个师4o万人增加到2o个师7o万人并举行代号为“关特演”的大规模演习制造进攻苏联的假象掩盖对美国的作战准备。1o月在日本内海组织登6演习还邀请各国驻日武官参观以吸引各国的注意力。12月例行的从横滨到檀香山的定期邮船“龙田丸”号照常出航。12月5日到12月7日三天里组织江田岛海军军官学校的3ooo名学员装扮成海军官兵游览东京市容营造太平无事的景象。在舰载机训练的日子里抽调其他部队的飞机进驻参训部队的基地保持这些基地原有的正常飞行和通讯。这些掩人耳目的措施可谓煞费苦心。
最后加强保密措施。在很长时间里该计划只有山本和极少数高级军官知道。参战部队训练地点在日本南部的鹿儿岛和佐伯湾而集结地点则在日本北方的择捉岛单冠湾。在突击编队集结过程中各舰均选择远离商船航线的偏僻航线分批按不同的时间间隔前往。在航行中各舰的收报机一律加上铅封实行严格的无线电静默并特别注意反潜警戒。当突击编队的舰艇进入单冠湾后海防部队就切断择捉岛同外界的一切联系甚至连岛上居民的粮食等生活必需品都由海军的补给船来运送。对编队舰员的私人信件也一律进行检查并扣押到开战那天才出。在突击编队向珍珠港航行途中所有舰艇实行只收不的严格无线电静默夜间进行灯火管制。另外派出数艘驱逐舰停泊在本土伪装航空母舰的无线电呼号进行无线电通信以欺骗美军的无线电监听。同时联合舰队全面更改密码和呼号以迷惑扰乱美军的监听。