后又再次拜谢太上老君赐鼎。
神农自得到丹书之后便在陈地苦苦钻研，以求早日学会炼制丹药之术，以便传于族人，早点解决困扰族人的病痛。
却说神农自得到丹书之后便开始研习，却不免冷落了家人，神农有个小女儿名叫女娃，最得神农喜爱，却也是非常懂事，他见父亲忙碌便也不去打扰，只和部落中的小孩一起玩耍，一日女娃出门玩耍，却看见一个大孩子把小孩子当马骑。小孩都累爬下了，大孩子还不肯罢休。
精卫走过去，指着大孩子的脑门怒斥道："你这个人太不知羞耻，欺负小孩子算什么本事，有力气，去打虎打熊，人们会说你是英雄。"
大孩子见精卫是个小姑娘，生得单薄文弱，根本不把她放在眼里。他从小孩背上跳下来，走到精卫面前说："我是海龙王的太子，你是什么人？竟敢来管我！"精卫说："龙王的儿子有什么了不起，我还是炎帝神农的女儿呢，以后你少到6地上撒野，小心我把你挂到树上晒干。"龙王的儿子说："我先让你知道知道我的厉害，往后少管小爷的闲事。"说着动手就打。
不料女娃却是天生不凡，又曾得神农传授上清**，那龙王太子却不是对手，龙王太子子见打不过精卫，只好灰溜溜地返回大海。过些天，精卫到海中游泳，正玩得十分开心，刚巧让龙王太子现了。他游过来，对精卫说：哪天在6地上让你捡了便宜，今天你跑到我家门前，赶快认个错，不然我兴风作浪淹死你。"精卫倔强地说："我没错，认什么错。"龙王太子见精卫倔强，根本没有服输的意思，立即搅动海水，掀起狂风恶浪，精卫来不及挣扎，就被淹死了。
精卫死后，变成一只红爪白嘴的小鸟，立志要把大海填平。她用嘴衔来石头与树枝投向大海，并出"精卫，精卫"的叫声，像是在激励自己。她年年月月，永不停歇。那龙太子却是不知此事已为他龙宫埋下了祸根，日后差点让他龙族灭族。
神农听说女娃掉到海里淹死了极为悲痛便做歌曰：精卫鸣兮，天地动容！
山木翠兮，人为鱼虫！
娇女不能言兮，父至悲痛！
海何以不平兮，波涛汹涌！
愿子孙后代兮，勿入海中！
愿吾民族兮，永以大6为荣！
神农伤心幼女之死无法视事，容颜也日渐憔悴，众臣民极为着急，却是无法可想。有人劝神农去求杨清，神农心道：“老师为圣人，有不可思量之神通，定可救得我女。”
于是就去了青丘山求救。
青丘山万年不变的景象让神农好生羡慕，但也顾不得欣赏，直接进了草堂拜倒：“老师圣寿，弟子还乞老师救弟子爱女一命。”言罢放声大哭。
杨清叹道：“可怜天下父母心，只是吾虽为圣人但女娃之事乃是定数，日后自有解脱之时，你且宽心。你已多日无心理会政事，还不回去？”
神农惊醒，暗道：“惭愧！”又听得女娃如后还有脱劫之日，甚是欣喜，便告辞离去。
神农回到陈地便继续研习丹术，花费数年时间终于在炼丹之术上略有所得，炼制出了一些可以治病的丹药，神农很高兴，将所有自己领悟出来的东西都交给了愿意学的族民。
却说在轩辕丘有个人族部落叫――有熊，其部落领叫少典，少典有两位夫人，其中一位叫附宝。有一天晚上，附宝见一道电光环绕着北斗枢星。随即，那颗枢星就掉落了下来，附宝由此感应而孕。怀胎24个月后，生下一个小儿，少典为之起名叫轩辕。
轩辕一生下来，就显得异常的神灵。生下没多久，便能说话，族人皆异之。这一日，少典家来了一个道人，正是青丘山红连圣人，少典连忙接待，杨清道：“族长可否将爱子与贫道做个徒弟？”
少典一听大喜：“红莲圣人收了两个徒弟都是人皇，莫非我儿有人皇之命？”当下忙道：“圣人垂青那是小儿的福气。”
附宝有些不舍，杨清岂不知其所想？但也不怎么放在心上，道：“那贫道就将其带走了，十五年后贫道便会放其归来。”说完就带轩辕回青丘山去了。
匆匆十多年时间便过去了，轩辕也长到十五岁了。杨清对他道：“我所该教你的都已教会你了，如今你已有十五岁，正是还家的时候。”轩辕辞别。
轩辕到达轩辕丘后便直接向族长住处行去，却一时迫不及待的想见到父母，虽然轩辕已然达到天仙境界，但毕竟还是一十五岁少年。轩辕走到族长的屋前对守在门口的部落战士说道：“请这位大哥进去通报一声，就说十五年前离家之人回来了。”
此时的官员却是还没有后世那许多规矩，那战士虽看轩辕一身道袍有些奇怪，但还是让轩辕稍待，自己进去向族长通告。一会只见从大屋中跑出一群人，有老又少、有男有女。一妇人跑出便将轩辕抱住说道：“我的儿你可回来了，为娘还以为以后再见不到你了。”说完便一阵哭声。轩辕见状便知乃是自己的生母附宝夫人，忙轻声安慰。这时就听见有人说：“好了，轩辕都回来了，附宝你就不要哭了。”轩辕知道这应该就是自己的父亲少典，忙上前拜见。
父子一顿叙话后，少典现儿子才能远胜自己，于是就将自己的族长之位传给了轩辕。
轩辕接任族长的位置之后便照杨清所传授的方法，开始教授族人更好的农耕之法。神农教人们将山林焚毁，然后在焚毁的山地上种田，轩辕现这种方法有时很不好。当人们烧山之时有可能遇上逆风，那样不但山烧不成，而且还会将放火烧山的族人烧死。而且这样的田地耕种数年之后肥力会下降，田里收获的粮食会越来越少，人们就会放其原有的田地，转而继续烧山为田，将山林慢慢的毁去。轩辕现将人或动物的大小便埋在土中可以提高田地的肥力，这样土地便可以继续使用而不用继续冒着被烧死的危险去烧山为田。轩辕还用杨清所教授的方法来训练部落的勇士，使他们的战斗力增长了很多。周围的部落闻听有熊部落强大且其为帝师红莲圣人的弟子，便纷纷率部落归顺，先后有熊、罴、貅、?、虎、雕、?、鹰、鸢九个大部落归顺，使得有熊部落的实力越来越大。轩辕的名声慢慢的传遍了整个洪荒人族部落，神农听说这位师弟的所作所为后非常高兴，常对人说：“有熊部落的公孙轩辕乃是贤者，日后我将效仿伏羲氏将天下共主之位传于轩辕。”但是却惹得神农的儿子榆罔的不满，榆罔也是十分的有才能，能征善战，曾有东夷部落之人不服神农管教进犯神农氏东部边境，十七岁的姜榆罔奉命驻守旧都伊川，并且在那里筹建军队，与东夷人作战，多次击败敌人，受到了神农的夸奖和族人的崇拜，自然是不服轩辕，这且不提。
数年后，神农终于将丹药之术研习完毕，给族民留下了炼制药丸的方法和一些药方，而他的《神农本草经》也终于完成了。于是神农得到太上老君的符诏，说他功德已满，让他将人皇之位传于他人，自己随伏羲去火云洞清修。
神农在接到符诏之后便着手准备传位所需的一些事物，最终神农还是将人皇之位传于公孙轩辕，在传位的这天，太上老君和伏羲两位圣人都前来观礼，只见在神农将人皇之位传于轩辕之时，天降功德笼罩在神农身上，霞光散去，神农也依然证了地皇之位。伏羲上前稽道：“恭喜皇弟证得地皇之位。”说完便让童儿牵来龙马与神农同乘，在万民的恭送下向三十三天外火云洞飞去。
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